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Table 1.

Primers

A. Real time PCR primers
Genes Positions (bp) Sequences
Apolipoprotein J  937-959   5′-gga tga agg acc agt gtg aca ag-3′  
  1032-1050   5′-cag cga cct gga ggg att c-3′  
Fibronectin  5023-5041   5′-tgt ggt tgc ctt gca cga t-3′  
  5111-5131   5′-gct tgt ggg tgt gac ctg agt-3′  
Osteonectin  868-889   5′-gag acc tgt gac ctg gac aat g-3′  
  957-982   5′-gga agg agt gga ttt aga tca caa ga-3′  
SM22  511-530   5′-cgt gga gat ccc aac tgg tt-3′  
  586-606   5′-aag gcc aat gac atg ctt tcc-3′  
p21WAF-1  495-515   5′-ctg gag act ctc agg gtc gaa-3′  
  599-617   5′-cca gga ctg cag gct tcc t-3′  
p53  1209-1229   5′-aag aaacca ctg gat gga gaa-3′  
  1263-1283   5′-cag ctc tcg gaa cat ctc gaa-3′  
c-fos  249-268   5′-tca ccc gca gac tcc ttc tc-3′  
  323-343   5′-gtg gga atg aag ttg gca ctg-3′  
c-jun  2016-2033   5′-gga tca agg cgg aga gga a-3′  
  2088-2102   5′-tcc agc cgg gcg att-3′  
TGF-β1  1788-1808   5′-agg gct acc atg cca act tct-3′  
  1869-1889   5′-ccg ggt tat gct ggt tgt aca-3′  
TGF-β2  1067-1083   5′-acc aac cgg cgg aag aa-3′  
  1153-1176   5′-cac cct aga tcc ctc ttg aaa tca-3′  
TGF-β3  1288-1305   5′-agg ccc ttg ccc ata cct-3′  
  1349-1372   5′-aga tgc ttc agg gtt cag agt gtt-3′  
GAPDH  942-963   5′-acc cac tcc tcc acc ttt gac-3′  
  1033-1053   5′-gtc cac cac cct gtt gct gta-3′  
A. Real time PCR primers
Genes Positions (bp) Sequences
Apolipoprotein J  937-959   5′-gga tga agg acc agt gtg aca ag-3′  
  1032-1050   5′-cag cga cct gga ggg att c-3′  
Fibronectin  5023-5041   5′-tgt ggt tgc ctt gca cga t-3′  
  5111-5131   5′-gct tgt ggg tgt gac ctg agt-3′  
Osteonectin  868-889   5′-gag acc tgt gac ctg gac aat g-3′  
  957-982   5′-gga agg agt gga ttt aga tca caa ga-3′  
SM22  511-530   5′-cgt gga gat ccc aac tgg tt-3′  
  586-606   5′-aag gcc aat gac atg ctt tcc-3′  
p21WAF-1  495-515   5′-ctg gag act ctc agg gtc gaa-3′  
  599-617   5′-cca gga ctg cag gct tcc t-3′  
p53  1209-1229   5′-aag aaacca ctg gat gga gaa-3′  
  1263-1283   5′-cag ctc tcg gaa cat ctc gaa-3′  
c-fos  249-268   5′-tca ccc gca gac tcc ttc tc-3′  
  323-343   5′-gtg gga atg aag ttg gca ctg-3′  
c-jun  2016-2033   5′-gga tca agg cgg aga gga a-3′  
  2088-2102   5′-tcc agc cgg gcg att-3′  
TGF-β1  1788-1808   5′-agg gct acc atg cca act tct-3′  
  1869-1889   5′-ccg ggt tat gct ggt tgt aca-3′  
TGF-β2  1067-1083   5′-acc aac cgg cgg aag aa-3′  
  1153-1176   5′-cac cct aga tcc ctc ttg aaa tca-3′  
TGF-β3  1288-1305   5′-agg ccc ttg ccc ata cct-3′  
  1349-1372   5′-aga tgc ttc agg gtt cag agt gtt-3′  
GAPDH  942-963   5′-acc cac tcc tcc acc ttt gac-3′  
  1033-1053   5′-gtc cac cac cct gtt gct gta-3′  
B. Primers used for the detection of the common 4977 bp mitochondrial DNA deletion
Primers Positions (bp) Sequences
H1   219-238   5′-atg ctt gta gga cat aat aa-3′  
L1   447-466   5′-agt ggg agg gga aaa taa ta-3′  
H2   8150-8169   5′-ccg ggg gta tac tac ggt ca-3′  
L2   13631-13650   5′-ggg gaa gcg agg ttg acc tg-3′  
H3   8197-8215   5′-cag ttt cat gcc cat cgt c-3′  
L3   13560-13578   5′-gat gag agt aat aga tag g-3′  
B. Primers used for the detection of the common 4977 bp mitochondrial DNA deletion
Primers Positions (bp) Sequences
H1   219-238   5′-atg ctt gta gga cat aat aa-3′  
L1   447-466   5′-agt ggg agg gga aaa taa ta-3′  
H2   8150-8169   5′-ccg ggg gta tac tac ggt ca-3′  
L2   13631-13650   5′-ggg gaa gcg agg ttg acc tg-3′  
H3   8197-8215   5′-cag ttt cat gcc cat cgt c-3′  
L3   13560-13578   5′-gat gag agt aat aga tag g-3′  
C. Primers used to construct the different apo J retroviral expression vectors
Primers Sequences
APOJ31F   5′-cgc gga tcc gcg gcg acc atg atg aag act ctg ctg ctg tt-3′  
APOJ31R   5′-tgc tct aga gcc ctc ctc ccg gtg ctt ttt gcg-3′  
APOJPNF   5′-g ggt taa ccc gcc acc atg atg aag act ctg ctg ctg tt-3′  
APOJPNR   5′-c ggg atc ccg gcg ggt tta aac tca atg gtg-3′  
TRAPOJR   5′-c ggg atc ccg tca ctc ctc ccg gtg ctt ttt gc-3′  
C. Primers used to construct the different apo J retroviral expression vectors
Primers Sequences
APOJ31F   5′-cgc gga tcc gcg gcg acc atg atg aag act ctg ctg ctg tt-3′  
APOJ31R   5′-tgc tct aga gcc ctc ctc ccg gtg ctt ttt gcg-3′  
APOJPNF   5′-g ggt taa ccc gcc acc atg atg aag act ctg ctg ctg tt-3′  
APOJPNR   5′-c ggg atc ccg gcg ggt tta aac tca atg gtg-3′  
TRAPOJR   5′-c ggg atc ccg tca ctc ctc ccg gtg ctt ttt gc-3′  
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