Skip to Main Content
Table 2.

Predicted regulation of endoderm-enriched transcripts by Nodal proteins,Mixer and Sox17

Number of sequences on arrayNumber of genesNodal regulationMixer regulationSox17 regulationRepresentative genes
25 23 Hnf1b, Edd, Gata4, Xl.5999, Xl.8924 
21 18 Frzb1, Darmin,Ceberus*, Xl.15089 
–  
14 13 Foxa4/pintalavis, PAPC, Xl.13381 
22 22 Xenf, Hex, Mig30, Xl.2554 
– Sox17a, Sox17b, C/EBPa 
– Bix1, Bix2, Bix4, Mix2, Gsc, Otx2 
14 13 – Mix1, Bix3, Eomes, Xnr1, Xnr2 
– – Xnr3 
Tbx6-like, Xl.15054 
Vex-1, Xl.11188 
– Wnt11 
12 12 Otx1, Wnt8, fatvg 
78 75 Vg1, Xpat, Deadsouth, Xoo1 
– Xl.5556 
18 18 – Chk1, BMP2, XPTB, Xl.4709 
59 59 – Derriere, Germes, Dazl, Xl.14891 
– – Hermes, Oct-60 
–  
–  
– –  
–  
–  
– –  
– –  
– – Dead end 
– – – Xl.12017 
Number of sequences on arrayNumber of genesNodal regulationMixer regulationSox17 regulationRepresentative genes
25 23 Hnf1b, Edd, Gata4, Xl.5999, Xl.8924 
21 18 Frzb1, Darmin,Ceberus*, Xl.15089 
–  
14 13 Foxa4/pintalavis, PAPC, Xl.13381 
22 22 Xenf, Hex, Mig30, Xl.2554 
– Sox17a, Sox17b, C/EBPa 
– Bix1, Bix2, Bix4, Mix2, Gsc, Otx2 
14 13 – Mix1, Bix3, Eomes, Xnr1, Xnr2 
– – Xnr3 
Tbx6-like, Xl.15054 
Vex-1, Xl.11188 
– Wnt11 
12 12 Otx1, Wnt8, fatvg 
78 75 Vg1, Xpat, Deadsouth, Xoo1 
– Xl.5556 
18 18 – Chk1, BMP2, XPTB, Xl.4709 
59 59 – Derriere, Germes, Dazl, Xl.14891 
– – Hermes, Oct-60 
–  
–  
– –  
–  
–  
– –  
– –  
– – Dead end 
– – – Xl.12017 

+, positively regulated during normal development, expression level>1.4-fold DOWN relative to control; –, negatively regulated during normal development, expression more than 1.4-fold UP relative to control; 0,no obvious regulation, change in expression level less than 1.4-fold relative to control.

Where there was more than one sequence on the array for a gene, the average expression level was used.

*

Based on RT-PCR validation because the Nodal– sample had an artificially high signal on the array owing to hybridization of injected Cerb-S RNA

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal