Skip to Main Content
Table 1.

Evaluation of efficiency and specificity of morpholino-based Prdm1 knockdown

Dose of reagent injected
Frequency of defect (%)
Experimentprdm1prdm1mutMOprdm1Stage (hpf)Phenotype observedLowHighWild typeDeadn
A Efficiency of MOprdm1-binding to wild-type and mutated synthetic prdm1 RNA           
 100 pg – – 4.5 Impaired epiboly 95 123 
 100 pg – 1 ng 4.5 Impaired epiboly 100 137 
 – 100 pg – 4.5 Impaired epiboly 93 134 
 – 100 pg 1 ng 4.5 Impaired epiboly 11 89 129 
B Specificity of MOprdm1 by restoring endogenous Prdm1 activity           
 – 50 pg – 4.5 Impaired epiboly 28 72 134* 
 – 50 pg – 10 Dorsalization 100 134* 
 – 50 pg 1 ng 4.5 Impaired epiboly 32 68 247 
 – 50 pg 1 ng 10 Dorsalization 31 69 247 
 – – 1 ng 4.5 Impaired epiboly 100 230 
 – – 1 ng 10 Dorsalization 93 230 
Dose of reagent injected
Frequency of defect (%)
Experimentprdm1prdm1mutMOprdm1Stage (hpf)Phenotype observedLowHighWild typeDeadn
A Efficiency of MOprdm1-binding to wild-type and mutated synthetic prdm1 RNA           
 100 pg – – 4.5 Impaired epiboly 95 123 
 100 pg – 1 ng 4.5 Impaired epiboly 100 137 
 – 100 pg – 4.5 Impaired epiboly 93 134 
 – 100 pg 1 ng 4.5 Impaired epiboly 11 89 129 
B Specificity of MOprdm1 by restoring endogenous Prdm1 activity           
 – 50 pg – 4.5 Impaired epiboly 28 72 134* 
 – 50 pg – 10 Dorsalization 100 134* 
 – 50 pg 1 ng 4.5 Impaired epiboly 32 68 247 
 – 50 pg 1 ng 10 Dorsalization 31 69 247 
 – – 1 ng 4.5 Impaired epiboly 100 230 
 – – 1 ng 10 Dorsalization 93 230 

Two different phenotypic degrees were scored, low and high, depending on the dose used. Gain-of-function phenotypes in red and loss-of-function phenotypes in blue

* † ‡

Embryos from same experiments were scored for different traits independently

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal